Com a fundação do Partido Republicano Paulista (PRP), o laicismo e o abolicionismo movimentavam a sociedade brasileira, dos anos 1870 e 1880. A abolição da escravatura, em 1888, acelerou a queda da monarquia com o apoio da aristocracia rural contrária ao abolicionismo. Em 15/11/1889, foi proclamada a república no Brasil sob a liderança do marechal monarquista Deodoro da Fonseca, um golpe de estado encabeçado por militares, com envolvimento civil, sem a participação do povo.
Com a república, uma nova bandeira foi instituída. A atual é obra de Raimundo Teixeira Mendes, criada em 19/11/1889. Tomando por base o fundo verde e o losango amarelo da bandeira imperial, foi colocado um círculo azul marcado com as estrelas (associadas aos estados da Federação) que, supostamente, seriam as mesmas do céu do Rio de Janeiro na noite de 15/11/1889, no lugar do brasão monárquico. Sobre o círculo azul foi colocada uma faixa branca com a frase “Ordem e Progresso”, lema do positivista francês Auguste Comte, de grande influência entre os republicanos brasileiros. O modelo se manteve o mesmo, a única alteração foi o acrescentar de novas estrelas representando os novos estados da união.
Antes da atual bandeira republicana, existiram outras duas propostas, como a de José Lopes da Silva Trovão, inspirada na bandeira dos Estados Unidos, dispondo de vinte estrelas em grupos de cinco sobre quadrilátero preto, que homenageava a população negra do país. Não estava representado o Município Neutro (atual DF) nessa primeira versão. Essa bandeira foi içada na Câmara Municipal do Rio de Janeiro, em 15/11/1889, hasteada por José do Patrocínio. A versão, criada por Ruy Barbosa, com o quadrilátero azul em vez de preto, continha vinte e uma estrelas, foi usada no mastro do navio Alagoas, que levou a família imperial brasileira ao exílio. Essa versão alternativa foi adotada pelo governo provisório por quatro dias.